最近我们组新添了一台简易的GPU个人工作站，主要用于分子动力学模拟和机器学习，配置如下：

CPU i5 9600k 散热器 酷冷至尊T400i塔式风扇内存 金士顿16G DDR4 2666骇客神条 2条硬盘1 西部数据4T企业版 7200转硬盘2 三星976 EVO PLUS 256G主板 华硕B360M-D显卡 影驰GTX2080 SUPER机箱 安钛克P7电源 台达额定850W

主要参考sob的装机配置推荐（ 的一个帖子提供了解决办法，使用普通帐号安装。

mkdir ~/Downloads/cuda10.1cd ~/Downloads/./cuda_10.1.243_418.87.00_linux.run --silent --toolkit --toolkitpath=~/Downloads/cuda10.1 --defaultroot=~/Downloads/cuda10.1 --samples --samplespath=~/Downloads

没有报错，说明安装成功了，在系统的/usr/local/下创建toolkit10的链接：

sudo ln -s ~/Downloads/cuda10.1 /usr/local/cuda#重新启动sudo reboot

加入环境变量

CUDA_HOME=/usr/local/cuda/export PATH=$PATH:$CUDA_HOME/bin/export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$CUDA_HOME/lib64

安装Gromacs Cuda版本

主要参考教程http://sobereva.com/457

#安装fftwmkdir buildcd buildexport CMAKE_PREFIX_PATH=/sob/fftw338cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gmx2018.4 -DGMX_SIMD=AVX2_256 -DGMX_MPI=OFF -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda#不使用AVX512指令集，不是用MPI 仅用openMPmake -j4make install

GROMACS运算测试

以李继存老师博客上的教程（http://jerkwin.github.io/GMX/GMXtut-0）为例进行对比：漏斗网蜘蛛毒素肽的溶剂化研究的成品模拟对比测试。为了使用GPU，energygrps设为了System，测试软件同为GROMACS2019.2版本。

对比结果如下：

一块2080显卡的普通台式机的Gromcas的算力远远超过了一台GPU主机，而且价格也比较实惠。