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PubMed检索史诗级加强,这两个超神网站一定要学会

 人阅读 | 作者yiyi | 时间:2023-06-13 10:48

PubMed作为生物医学检索系统在科研领域受到广泛的关注,因为其免费,登录速度较快,因此成为很多科研人员的常用检索工具。我们在使用PubMed时,检索效率总会有不尽人意的时候,很多新手会觉着PubMed检索效果和百度学术差不多,甚至因为是全英文,在使用时体验还不如百度学术。

对于一些进阶用户来说,尽管有布尔逻辑或者主题词这样的检索方法,但是仍然不能满足很多科研人员的需要。这时,通常会通过各种浏览器的插件进行实现,比如小虎编辑之前推荐过的scholarscope,easypubmed等。但是通过这些插件也只能进行额外显示影响因子、分区等功能,并不能细化我们的检索内容。

今天小虎编辑就给大家带来两款NCBI出品的更优秀的检索系统,相比于PubMed,每个都有各自的特点,而且和PubMed一样,无需登录,免费使用。

1. Litsense

网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/litsense/

图片来源:网页截图(下同)

LitSense是一个独特的基于句子水平的生物学检索数据库,其检索范围是NCBI旗下的PubMed和PMC中的文献。与NCBI不同,我们在使用LitSense检索时可以直接输入一句话,而并非关键词或者几个词组。同时LitSense也支持PubMed的关键词或者词组检索。

笔者这里检索半句话 “Double factor variance analysiswas applied” 为例。这样就会检索出所有在文章中提到双因素方差分析的文章,当然只检索” Doublefactor variance analysis”也会出现相应的结果。

LitSense最大的特点就是可以精确定位检索内容的位置,会告诉我们这部分出现在了文章的什么地方,在左侧的“SECTIONS”部分,也可以根据我们的需要定位检索关键词出现的位置,比如只想看某个句子或概念在讨论中如何表达的,我们就可以直接选择“discussion”,像检索双因素方差分析这种方法,我们就可以选择“methods”。此外LitSense的左侧还可以根据出版的时间进行检索筛选,能很快地定位到最新的文献。

当点击检索结果后,会直接打开文章的链接,假如可以免费获得全文的文章,会直接定位到这一句话出现的位置。可以快速让我们找到检索的内容,并且对当前段落进行精读。

图片来源:网页截图

小虎编辑在使用LitSense时,通常是在某句话不确定表达或者如何写作时使用,比如双因素方差分析在文章中如何写作,就可以用LitSense快速检索出结果。此外,LitSense也可以当做搜索protocol的一种方法,将我们的检索内容限定在method部分就会检索已发表文章中的详细描述。

不过有一点还需要注意,LitSense检索的都是原文的句子,因此在写作使用LitSense时,不能原封不动地复制粘贴,可以参考写作方法和表达方式,但是一定不能抄,否则查重肯定是过不了的。

2. PubTator

网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/pubtator/

PubTator的主要功能是在PubMed摘要和PMC全文文章中提供生物医学概念(如基因和突变)的自动注释。检索内容通常是某种基因、疾病、蛋白、试剂、细胞等等,并且支持NCBI上使用的MeSH主题词数据库,直接检索序号即可,如@MESH:D001943。还可以检索PMC的文章号,这样即可直接打开全文。

当进行检索时,PubTator会在题目中按照右侧分类的颜色进行不同的标注,比如这里标黄的是不同的疾病,可以让我们快速从题目中定位到不同的疾病。

打开正文后,PubTator会根据我们在右上角的选择,对全文中出现的基因、蛋白、疾病、试剂等词汇进行不同颜色的标记。在左侧也会按照这些部分给出本文中出现的所有词汇,并且给出了出现的数量,点击后即可快速定位到该词汇出现的位置并在全文标注。右侧部分的“NAVIGATION”,可以让我们快速跳转到文章的不同部分,更加方便我们快速阅读。

小虎在使用PubTator时,通常会将其作为快速阅读的一种工具,在选择一些基因或蛋白表达的研究方法上,使用PubTator也有很好的效果。在写作时,PubTator可以快速根据我们需要的疾病或者蛋白进行检索,在写作前读一下也会对我们的文章结构很有帮助。

最后需要注意的是,以上推荐的网站都是可以检索PubMed摘要和PMC全文文章的,假如文章没有被PMC收录,通常只能检索到摘要,所以如果小伙伴们进行综述写作,需要对某一领域进行全方位检索时,则优先使用PubMed进行检索。


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